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さまざまなキーワードから遺伝子を簡単に検索し、眺めることができる遺伝子検索エンジンです。塩基配列やアミノ酸配列から高速に遺伝子を検索することもできます。 (http://GGRNA.dbcls.jp/)

統合遺伝子検索GGRNAの特徴

  • NCBI RefSeqに登録された転写産物の情報を高速に全文検索します。遺伝子名や各種のID、 タンパク質の機能など、あらゆるキーワードから簡単に遺伝子を検索できます。
  • 塩基配列の検索では 、N, R, Yなどのあいまいな塩基を含むパターンも検索できます。
  • ヒト、マウス、ラット、ニワトリ、ツメガエル、、ゼブラフィッシュ、ホヤ、ショウジョウバエ、 線虫、イネ、 、シロイヌナズナ、出芽酵母、分裂酵母を含め、RefSeqに収録されている全ての 生物種に対応しています。

利用例

  • ある遺伝子について調べたくなったら、まずはGGRNAで検索。
  • 論文の図中に登場する塩基配列やアミノ酸配列から即座に遺伝子を検索。たとえば PCRのプライマー、プローブ、、、siRNAの配列を検索して標的遺伝子および位置をチェック。
  • マイクロアレイのプローブIDを塩基配列に変換して遺伝子を検索。
  • 短いアミノ酸配列のモチーフを検索。

参考文献

  • Naito Y, Bono H. GGRNA: an ultrafast, transcript-oriented search engine for genes and transcripts. Nucleic Acids Res. 40, W592-W596 (2012).
  • 内藤雄樹・坊農秀雅「統合遺伝子検索GGRNA:遺伝子をGoogleのように検索できるウェブサーバ」ライフサイエンス 新着論文レビュー (2012年5月28日).
  • 統合TV「GGRNAで遺伝子をGoogleのように検索する」DOI: 10.7875/togotv.2012.003
{yahoojp}zt03-myp12-gui-zd-3